Mauro Marzochi possui graduação em Ciências Biológicas, modalidade médica, pela Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto-USP (1968). Iniciou a graduação em Medicina na Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto-USP (1965-1970) e se diplomou pela Universidade Estadual de Londrina (1972). Realizou especialização em Medicina do Trabalho e Doutorado em Parasitologia Aplicada pela Universidade Estadual de Londrina-UEL (1975), Livre Docência pela Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (1994) e MBA em Gestão de Saúde pela Coppead-UFRJ (1999).

É pesquisador do CNPq (a partir de 1986), com Bolsa de Produtividade em Pesquisa junto ao Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas (INI/Fiocruz), com atividades de pesquisa e ensino voltadas à área de Parasitologia, com ênfase em Parasitologia Aplicada, Epidemiologia, Biossegurança e Gestão de Saúde Pública, atuando nos seguintes temas: eco-epidemiologia das leishmanioses; tecnologias de diagnóstico, imunoprofilaxia e mobilização popular no controle de endemias e inovações gerenciais do Sistema Único de Saúde (SUS).